Plusieurs variants (Alpha, Delta…) du coronavirus SARS-CoV-2 ont fait leur apparition depuis le début de la pandémie. Désormais, en France, c’est le variant Omicron qui est majoritaire. Combien de cas ? Quelle est l’efficacité des vaccins contre ce nouveau variant ?
De nombreux variants du SARS-CoV-2 circulent à travers le monde. Certains sont qualifiés de « variants préoccupants » (VOC) ou de « variants à suivre » (VOI) car leur impact (transmissibilité, contagiosité, échappement immunitaire potentiel) justifie la mise en place d’une surveillance particulière et de mesures de gestion spécifiques. D’autres variants restent classés « en cours d’évaluation », en l’absence d’éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d’un impact en santé publique en France. En France, le variant Omicron est devenu majoritaire un mois seulement après la détection du premier cas en métropole.
Nouveau variant « Deltacron », de quoi s’agit-il ?
Les variants Delta et Omicron sont les deux souches qui circulent de manière très active actuellement dans de nombreux pays. Et si ces derniers se combinaient ? C’est ce que craint un chercheur chypriote : il affirme avoir découvert une nouvelle souche du coronavirus qui combine Delta et Omicron, comme le rapportent des articles de la presse chypriote dont le Cyprus Mail, repris par l’agence Bloomberg News. Leondios Kostrikis, professeur de sciences biologiques à l’Université de Chypre et chef du Laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire indique en effet que la souche « Deltacron », comme il l’a surnommée, aurait déjà provoqué au moins 25 cas sur l’île de Chypre, où le taux d’incidence de cas de COVID-19 est considéré comme le plus haut d’Europe.
Sa particularité ? La signature génétique du variant Omicron et les génomes du variant Delta. « Il existe actuellement des co-infections Omicron et Delta et nous avons trouvé cette souche qui est une combinaison des deux », précise Leondios Kostrikis dans une interview à la chaîne Sigma TV. « Nous verrons si cette souche est plus pathologique ou plus contagieuse ou si elle prévaudra sur Delta et Omicron », a-t-il ajouté. Non sans estimer d’un point de vue personnel que cette possible nouvelle souche sera remplacée par Omicron, beaucoup plus contagieuse que les autres souches du SARS-CoV-2. A noter que la découverte de cette nouvelle mutation est en attente d’une confirmation officielle, puisque des échantillons ont été envoyés au dispositif GISAID de l’Institut Pasteur pour analyses.
Cette base de données internationale a pour rôle de recenser toutes les modifications et mutations observées du Covid-19, mises par la suite à disposition de la communauté scientifique mondiale. La présence du « Deltacron » a été mise à jour à la suite d’analyses de prélèvements effectués à la fois dans la population générale et chez des patients hospitalisés. Les résultats ont montré que sa fréquence est plus élevée chez les patients hospitalisés en raison du Covid-19 par rapport aux patients non hospitalisés, ce qui pourrait signifier qu’il existe une corrélation entre Deltacron et les hospitalisations. Mais d’autres précisions sont d’autant plus attendues à ce sujet que l’analyse des séquences génétiques des supposés 25 cas a conduit certains scientifiques à se prononcer pour une « fausse alerte ».
Le journal Libération révèle en effet que l’hypothèse d’une mauvaise manipulation dans un laboratoire est évoquée sur Twitter par certains scientifiques ayant eu accès au Gisaid. C’est le cas de Tom Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres qui explique que « les séquences chypriotes Deltacron semblent être assez clairement une contamination, elles ne se regroupent pas sur un arbre phylogénétique ». Il s’agirait donc plutôt d’un « mélange» entre plusieurs prélèvements en laboratoire. Ce dernier ajoute que « les vraies recombinaisons apparaissent quelques semaines voire quelques mois après la circulation simultanée de plusieurs variants. Cela ne fait qu’un peu plus de deux semaines qu’Omicron circule, je doute qu’il y ait pu déjà avoir des recombinaisons… » Affaires à suivre donc.
Variant Omicron (B.1.1.529) : symptômes, gravité…
Ce nouveau variant du coronavirus a été détecté le 25 novembre en Afrique du Sud, le pays africain officiellement le plus touché par la pandémie. Baptisé « Omicron » par l’OMS (B.1.1.529), il présente un nombre « extrêmement élevé » de mutations, selon les scientifiques sud-africains : pas moins d’une trentaine, alors que le variant Delta n’en compte que deux. Ce variant est désormais majoritaire parmi les infections à la Covid-19 en France, deux mois après son apparition en métropole.
Quels sont les symptômes du variant Omicron ?
D’après les données recueillies par Santé publique France, les symptômes les plus fréquents qui apparaissent après une contamination à la Covid-19 sont :
la toux ;
la fatigue ;
la fièvre ;
la congestion ou l’écoulement nasal.
Des cas de nausées, vomissements, essoufflement et diarrhée ont également été signalés, mais dans une proportion moindre. Lors du point hebdomadaire du 6 janvier de Santé Publique France, la perte d’odorat et de goût n’est citée que par 10% des 338 personnes interrogées par Santé publique France.
En France, plus de la moitié des morts du Covid-19 à l’hôpital sont désormais liées à ce variant
Entre le 17 et le 23 janvier 2022, la Direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (Drees) estime que le variant Omicron concerne 57 % des décès survenus à l’hôpital avec le Covid-19.
Ces résultats, publiés vendredi 28 janvier et mis à jour chaque semaine, indiquent également qu’Omicron est responsable de 99 % des tests PCR positifs, de 88 % des entrées hospitalières conventionnelles et de 79 % des admissions en soins critiques..
« La représentation moindre du variant Omicron chez les personnes hospitalisées que chez celles testées positives demeure donc, même si cette différence de prévalence s’amenuise semaine après semaine » rapporte la Drees. Elle serait le fait de la « temporalité de ces évènements (qui) diffère puisque les infections précèdent les hospitalisations d’environ une semaine, elles-mêmes précédant les décès d’environ une semaine ».
Un taux d’hospitalisation plus faible avec le variant Omicron qu’avec Delta
Selon une étude publiée le 10 janvier 2022 par l’Assistance publique-hôpitaux de Paris (AP-HP), la probabilité d’avoir recours aux soins critiques est « trois fois plus élevée chez les patients infectés par le variant Delta que par le variant Omicron ». L’AP-HP a étudié la part du variant Delta et du variant Omicron chez les nouveaux patients hospitalisés dans ses services pour Covid-19 entre le 1er décembre 2021 et le 4 janvier 2022, en soins critiques et en hospitalisation conventionnelle.
« En moyenne sur la dernière semaine de 2021, environ 19% d’entrants quotidiens avec Omicron en soins critiques et 54% en hospitalisation conventionnelle », relève l’AP-HP.
Les hospitalisations conventionnelles qui correspondent aux séjours de moins d’une journée représentent « 19% des séjours pour les patients entrants infectés par Delta et 43% pour les patients entrants infectés par Omicron ».
Selon deux études britanniques publiées le 22 décembre, le risque d’hospitalisation lié à une infection au variant Omicron est 70% inférieur que lors d’une infection au variant Delta .
Leurs résultats démontraient également que le variant Omicron serait moins dangereux pour les personnes âgées que le variant Delta. « D’abord ils sont plus nombreux à avoir fait leur rappel. Mais aussi pour des raisons anatomiques. Les chercheurs de Hong-Kong ont montré qu’avec le variant Delta on avait beaucoup de variants et de virus qui descendaient dans les poumons et ça fait des formes graves. Alors qu’avec Omicron ça descend moins dans les poumons, il y a donc moins de formes graves », avait expliqué le Dr Damien Mascret sur le plateau de France 2 le 23 décembre.
La dose de rappel nécessaire pour protéger contre le variant Omicron ?
Dans un avis publié le 16 décembre 2021, le Conseil scientifique confirme qu’une dose de rappel de vaccin permettrait de rehausser l’efficacité vaccinale contre la Covid-19 et le développement d’une forme grave de la maladie. » La dose de rappel (3ème dose) permet de rétablir une réponse immunitaire vis-à-vis du variant Omicron. Elle protège, probablement à un bon niveau, contre la survenue de formes sévères et graves mais ne protège que partiellement contre l’infection au variant Omicron. Selon les chercheurs, l’efficacité vaccinale se maintiendrait à 70% après une dose de rappel.
Sortir de la phase pandémique ?
Mardi 11 janvier, l’Agence européenne des médicaments a estimé qu’Omicron allait transformer le Covid-19 en une maladie endémique. Désormais, il va falloir apprendre à vivre avec.
« Personne ne sait exactement quand nous serons au bout du tunnel mais nous y arriverons », a assuré Marco Cavaleri, chef de la stratégie vaccinale de l’Agence européenne des médicaments (EMA), basée à Amsterdam. Avant d’ajouter : « Avec l’augmentation de l’immunité dans la population – et avec Omicron, il y aura beaucoup d’immunité naturelle en plus de la vaccination – nous avancerons rapidement vers un scénario qui sera plus proche de l’endémicité ». Une nouvelle encourageante qui ne doit pas faire oublier pour autant que le monde se trouve toujours dans une pandémie.
